Supreme Commander 2 commence avec l'assassinat du président nouvellement élu de la CDC, la Colonial Defense Coalition. Les 3 membres de la coalition, la Fédération Terrienne Unie, l'Ordre des Illuminés Aeons et la Nation Cybran nient toute implication dans cet assassina et se rejètent la faute les uns les autres ce qui va provoquer une guerre galactique! Dans Supreme Commander 2 découvrez l'expérience des batailles à grande échelle! Les joueurs feront la guerre, en créant d'énormes armées personnalisables avec des machines de guerre expérimentales qui peuvent modifier l'équilibre du pouvoir à n'importe quel moment. Prenez le rôle d'un des trois commandants représentant chacun une faction unique.